Syyskuun 11. päivän iskuista oli kulunut kaksi päivää, kun Yhdysvaltojen silloinen ulkoministeri Colin Powell kertoi toimittajille, että Osama bin Laden oli iskujen pääepäilty. Useat muut George W. Bushin hallinnot edustajat ja hallintoa lähellä olevat tv-kommentaattorit olivat jo aiemmin puhuneet bin Ladenista terrori-iskujen pääepäiltynä.
Seuraavana päivänä 14. syyskuuta Yhdysvaltojen kongressi hyväksyi lain, joka antoi presidentille valtuudet kaiken tarvittavan sotilaallisen voiman käyttöön toisia valtioita, järjestöjä tai henkilöitä vastaan, joiden hän uskoi olleen mukana suunnittelemassa, hyväksymässä tai toteuttamassa syyskuun 11. päivän terrori-iskuja tai tarjonneen suojaa kyseisille järjestöille tai henkilöille.
Kolme päivää myöhemmin Bush antoi puolustusministeriölle salaisen käskyn käynnistää sotavalmistelut paitsi Afganistanissa myös Irakissa.
Yhdysvaltojen kongressin 14.9.2001 presidentille antama avoin valtakirja hyökätä muihin maihin on edelleen voimassa. Kyseisen lain nojalla Yhdysvaltojen joukot hyökkäsivät Bushin ja Barack Obaman presidenttikausien aikana ainakin 14 maahan. Viholliskohteiksi määriteltyjen maiden ja järjestöjen lista on salainen.
Afganistanin talebanhallinnon ulkoministeri Wakil Ahmed Muttawakil ilmoitti tuomitsevansa Yhdysvalloissa tapahtuneet terrori-iskut, ”oli niiden takana sitten kuka hyvänsä”.
Talebanien johtaja, mullah Omar vakuutti, ettei Osama bin Ladenilla voinut olla osuutta Yhdysvaltojen lentokonekaappauksissa, sillä bin Ladenin teleyhteydet ulkomaille oli katkaistu.
Talebanit kutsuivat koolle yli tuhannen uskonoppineen kokouksen, joka ehdotti, että bin Laden lähtisi Afganistanista ja YK tai Islamilaisten maiden järjestö teettäisi riippumattoman tutkimuksen syyskuun 11. päivän tapahtumista.
Pitkin syksyä talebanit ilmoittivat olevansa valmiita luovuttamaan bin Ladenin oikeudenkäyntiin johonkin toiseen islamilaiseen maahan, kunhan Yhdysvallat esittää todisteita tämän osallisuudesta iskuihin.
Bushin hallinto ei pitänyt lupauksia uskottavina eikä suostunut neuvotteluihin talebanien kanssa.
”Ei ole tarpeen keskustella syyttömyydestä tai syyllisyydestä. Me tiedämme, että Osama bin Laden on syyllinen”, presidentti Bush sanoi Valkoisen talon nurmikolla pidetyssä tiedotustilaisuudessa.
7. lokakuuta 2001 alkoivat Afganistanin pommitukset, ja marraskuun alkupuolella talebanit oli ajettu vallasta.
Osama bin Laden oli etsintäkuulutettu, sillä häntä syytettiin osallisuudesta vuonna 1998 tehtyihin pommi-iskuihin Yhdysvaltojen suurlähetystöjen edustalla Kenian pääkaupungissa Nairobissa ja Dar es Salaamissa Tansaniassa.
Bin Ladenia epäiltiin myös muista terrori-iskuista eri puolilla maailmaa, mutta häntä vastaan ei koskaan nostettu syytettä syyskuun 11. päivän iskuista.
Yhdysvaltojen liittovaltion poliisin FBI:n tiedotusjohtaja Rex Tomb totesi vuonna 2006, ettei FBI:lla ollut ”mitään selkeitä todisteita bin Ladenin osallisuudesta syyskuun 11. päivän tapahtumiin”.
Viimeisen 20 vuoden ajan maailman medioissa on kuitenkin kerrottu itsestäänselvänä faktana, että Osama bin Laden suunnitteli lentokoneiskut World Trade Centerin pilvenpiirtäjiin ja puolustusministeriön päämajaan Pentagoniin.
Bushin hallinnon keskeinen todistuskappale oli Afganistanista haltuun saatu video, jolla bin Laden tiettävästi kertoi osallisuudestaan lentokoneiskuihin. Saksan yleisradion WDR-kanavan haastattelemien kielenkääntäjien mukaan videon englanninkielinen tekstitys ei kuitenkaan olennaisissa kohdissa lainkaan vastannut videolla kuultavaa arabiankielistä puhetta.
Pakistanilaista Khalid Sheikh Mohammedia ja neljää muuta Guantánamon tukikohdassa vangittuna olevaa miestä vastaan nostettiin vuonna 2008 syytteet syyskuun 11. päivän lentokonekaappausten suunnittelusta, mutta oikeudenkäyntiä ei ole tähän päivään mennessä järjestetty. Mohammed tunnusti suunnitelleensa lentokonekaappaukset sen jälkeen kun häntä oli vesikidutettu 183 kertaa.
Guantánamossa toimiva sotilastuomioistuin järjesti iskujen vuosipäivän alla pitkän tauon jälkeen uuden oikeudenkäyntiä valmistelevan käsittelyn.
uutiskirje 
