Syyskuun 11. päivän iskujen jälkeen presidentti George W. Bushin hallinnossa tuntui olevan selvästi enemmän halukkuutta hyökätä Irakiin kuin Afganistaniin.
Tämä käy ilmi yhdysvaltalaisen National Security Archive -tutkimuskeskuksen kokoamista Yhdysvaltojen tiedonvapauslain nojalla haltuun saaduista asiakirjoista ja paikalla olleiden myöhemmin antamista lausunnoista.
Bush itse arveli heti iskujen jälkeen, että Irakin presidentti Saddam Hussein saattoi olla mukana iskujen suunnittelussa. Iltapäivällä puolustusministeri Donald Rumsfeld käski asevoimien esikunnan päällikköä etsimään todisteita, jotka antaisivat oikeutuksen hyökätä Irakiin. Rumsfeld pyysi myös Pentagonin johtavaa lakiasiainneuvonantajaa selvittämään Saddam Husseinin ja Osama bin Ladenin välisiä yhteyksiä.
Syyskuun 11. päivän iskujen jälkeen presidentti George W. Bushin hallinnossa tuntui olevan selvästi enemmän halukkuutta hyökätä Irakiin kuin Afganistaniin.
Valkoisessa talossa 12. syyskuuta pidetyssä kokouksessa varapuolustusministeri Paul Wolfowitz arveli, että iskut olivat epäilemättä jonkin valtion rahoittamia. Rumsfeld kannatti hyökkäystä Irakiin, sillä siellä oli parempia kohteita kuin Afganistanissa. Bush totesi, että Yhdysvaltojen tulisi ”vaihtaa hallitusta Irakissa”.
Rumsfeld ja Wolfowitz olivat jo pitkin kesää ehdottaneet hyökkäystä Irakiin, kuukausia ennen syyskuun 11. päivän tapahtumia.
Terrorismin torjunnasta vastannut neuvonantaja Richard Clarke totesi, että lentokonekaappausten takana oli takuuvarmasti Al-Qaida, jolla puolestaan ei ollut aiempien todisteiden valossa mitään yhteyksiä Irakin kanssa.
Seuraavana päivänä Bush pyysi Rumsfeldia laatimaan suunnitelman ja kustannusarvion hyökkäyksestä Irakiin. 14. syyskuuta hän sanoi puhelimessa Britannian pääministerille Tony Blairille uskovansa, että oli olemassa todisteita yhteyksistä Saddam Husseinin ja Osama bin Ladenin ja Al-Qaidan välillä.
15. syyskuuta presidentin maaseutuhuvilassa Camp Davidissa pidetyssä kokouksessa Wolfowitz totesi, että Irak olisi helpompi hyökkäyksen kohde kuin Afganistan. Yhdysvaltojen joukot voisivat valloittaa Basran kaupungin ja maan eteläosien öljykentät ja pystyttää sinne oppositioryhmien hallituksen.
Koko päivän jatkuneen kokouksen lopussa varapresidentti Dick Cheney varoitti, että ”jos me nyt hyökkäämme Saddam Husseinin kimppuun, menetämme oikeutetun paikkamme hyviksinä”. Presidentti Bush päätti, että olisi parempi hyökätä ensin Afganistaniin, koska Irakin osallisuudesta iskuihin ei vielä ollut todisteita.
Irakin hyökkäyksen suunnittelu kuitenkin jatkui. 17. syyskuuta Bush antoi puolustusministeriölle salaisen käskyn käynnistää sotavalmistelut paitsi Afganistanissa myös Irakissa.
29. syyskuuta Rumsfeld käski asevoimien pääesikuntaa aloittamaan Irakin-hyökkäyksen suunnittelun. Hyökkäyksen tavoitteena olisi löytää ja tuhota joukkotuhoaseet ja asettaa maahan uusi Yhdysvalloille myötämielinen hallitus.
Marraskuun ja tammikuun välillä asevoimien Lähi-idän-toiminnoista vastaava komentaja Tommy Franks laati Rumsfeldin pyynnöstä viisi eri valmiussuunnitelmaa Irakin sodalle.
Tammikuun lopussa 2002 Bush piti kongressissa presidentin vuosittaisen puheen kansakunnan tilasta ja sanoi Irakin, Iranin ja Pohjois-Korean muodostavan yhdessä terroristiliittolaistensa kanssa pahuuden akselin, joka uhkasi maailmanrauhaa.
Samaan aikaan kun asevoimissa suunniteltiin 400 000 tai 500 000 sotilaan hyökkäystä Irakiin, Afganistania moukaroitiin ilmapommituksilla. Afganistaniin lähetettiin marraskuussa 2001 noin tuhat Yhdysvaltojen erikoisjoukkojen sotilasta tukemaan Pohjoisen liiton joukkojen hyökkäystä talebanhallintoa vastaan.
Bushin hallinnon Irakin-päähänpinttymän vuoksi Osama bin Laden ilmeisesti pääsi pakenemaan Afganistanista Pakistaniin.
Kun Pohjoisen liiton joukot ajoivat talebanit vallasta, bin Ladenin kerrottiin olevan Al-Qaidan taistelijoiden kanssa Tora Borassa Pakistanin rajan lähellä olevassa vuoristossa. Yhdysvalloilla ei ollut Afganistanissa kuitenkaan riittävästi sotilaita ja kalustoa bin Ladenin kiinniottamiseen.
Puolustusministeri Rumsfeld ja varapresidentti Cheney vastustivat kiivaasti lisäjoukkojen lähettämistä Afganistaniin ottamaan kiinni bin Ladenia, sillä tämä olisi vienyt voimavaroja suunnitteilla olevalta hyökkäykseltä Irakiin.
uutiskirje 
