Sateenkaarilipun historia yltää vuoteen 1896, jolloin Kansainvälisen osuustoimintaliiton (ICA) kokouksessa tehtiin esitys lipusta. ICA otti sateenkaarilipun käyttöön 1925.
Tänään lippu liehuu seksuaali- ja sukupuolivähemmistöjen tilaisuuksissa eri puolilla maailmaa. Lipun valmisti lipputehtaassa San Franciscossa töissä ollut Gilbert Baker. Sitä käytettiin ensi kerran 1978 juuri San Franciscon mielenosoituksessa. Alun perin lipussa oli kahdeksan väriä, mutta pian kaksi jätettiin pois.
ICA päätti sekaannuksen välttämiseksi luopua alkuperäisestä lipusta, joka oli siltä ikään kuin ”ryöstetty”. Värit säilyivät, mutta kuosi on toinen 2001 käyttöön otetussa uudessa lipussa.
Sateenkaarilippu on myös rauhanliikkeen tunnus.