Itämeren rannikkovaltioista Suomessa on meritaimenen luonnonkantoja jäljellä vähiten. Viime kesän selvityksissä esimerkiksi Tornionjoen sivujoessa Pakajoessa ja Isojoessa poikasten esiintymistiheys jäi pitkän aikavälin keskiarvoa alemmaksi.
Meritaimenkantojen tilaan vaikuttavat sekä luonnonolojen vaihtelu että ihmisten aiheuttamat muutokset joessa ja meressä. Meritaimenen säilymistä uhkaavat vaelluspoikasten suuri kuolevuus meressä ensimmäisen merivuoden aikana sekä liiallinen kalastus.
Vuosittain mereen tulevista vaelluspoikasista pääosa on istukkaita. Viranomaisten mukaan nykyisen vakavan tilanteen korjaamiseksi meritaimenen kalastusta pitäisi vähentää esimerkiksi jokisuita rauhoittamalla ja verkkojen silmäkokoa nostamalla.
Muissa Itämeren maissa hyviä tuloksia on saatu jokisuiden kalastusrauhoituksilla, rannikkokalastuksen aikasäätelyllä sekä verkkojen rakenteiden ja pyyntisyvyyden rajoituksilla.
Viime vuonna tehdyssä Suomen lajien uhanalaisuusluokituksessa meritaimenen luonnonkantojen tila arvioitiin äärimmäisen uhanalaiseksi. Alkujaan noin kuudestakymmenestä meritaimenjoesta luonnonkannan rippeitä on jäljellä enää vain noin tusinassa jokivesistössä.