World Trade Centerin pilvenpiirtäjien tuhoutumisesta ja muista syyskuun 11. päivän tapahtumista oli kulunut kuusi päivää, kun oikeusministeri John Ashcroft toi Yhdysvaltojen kongressiin käsiteltäväksi terrorisminvastaisen Patriot Act -lakiesityksen. Oli maanantaiaamu 17. syyskuuta 2001, ja oikeusministeri vaati 132-sivuisen lakiesityksen hyväksymistä viimeistään perjantaina.
Washingtonissa elettiin 9/11-iskujen jälkeisessä pelonsekaisessa paniikissa. Samana aamuna, kun oikeusministeri vei lakiesityksen kongressiin, Washington Post julkaisi artikkelin bioterrorismista. Kirjoituksessa spekuloitiin uhkakuvalla, jossa terroristit levittäisivät asutuskeskusten yli lentävästä pienkoneesta pernaruttoa tai muita hengenvaarallisia sairauksia aiheuttavia bakteeri-itiöitä.
Patriot Actia ei kuitenkaan hyväksytty kongressissa läpihuutojuttuna. Kongressin ylähuoneessa, eli senaatissa, oli demokraattipuolueen enemmistö. Demokraattien ryhmäjohtaja Tom Daschle ja senaatin lakivaliokunnan puheenjohtaja Patrick Leahy halusivat käydä rauhassa keskustelua pykälistä, jotka loukkasivat kansalaisvapauksia ja olivat monien mielestä perustuslain vastaisia.
Pernaruttoitiöt olivatkin peräisin Yhdysvaltojen asevoimien tai CIA:n laboratoriosta.
Lakiesitys antoi viranomaisille valtuudet esimerkiksi puhelujen salakuunteluun, ostosten ja pankkitilien seurantaan ja kotietsintöjen tekemiseen ilman tuomioistuimen lupaa ja maahanmuuttajien pidätyksiin vailla määräaikaa.
30. syyskuuta varapresidentti Dick Cheney antoi kongressille viikon aikaa lakiesityksen hyväksymiseen.
Kolme päivää myöhemmin floridalainen valokuvaaja sairastui pernaruttoon ja kuoli.
Liittovaltion poliisin FBI:n mukaan pernaruttobakteereja sisältäviä kirjeitä oli lähetetty kolmelle tv-kanavalle, New York Post -lehden toimitukseen sekä kohulehti National Enquirerin toimitukseen Floridaan.
New York Postin saamassa kuoressa oli koirien kuivamuonalta näyttäviä ruskeita muroja ja kirje, jossa sanottiin: ”09-11-01. Tämä on seuraava. Ottakaa penisilliiniä nyt. Kuolema USA:lle. Kuolema Israelille. Allah on suuri.”
Lähipäivinä kaksi toimittajaa, toimittajan seitsemän kuukauden ikäinen vauva ja postin työntekijä sairastuivat pernaruttoon. National Enquirerin toimitusrakennus suljettiin sen jälkeen, kun rakennuksessa oli havaittu jälkiä pernarutosta. Rakennus avattiin uudestaan vuonna 2007.
Lokakuun 7. päivänä Yhdysvallat aloitti ilmaiskut Afganistaniin, ja seuraavina päivinä viranomaiset varoittivat Al-Qaidan mahdollisista kostoiskuista Yhdysvalloissa. Kongressin uskottiin olevan yksi terroristien seuraavista kohteista.
FBI:n mukaan bakteereja tai tappavia kemikaaleja tultaisiin mahdollisesti levittämään ilmasta käsin tuholaismyrkkyjen ruiskuttamiseen käytetyistä pienkoneista. Tiedustelupalvelu CIA oli jo aiemmin väittänyt, että Saddam Husseinin Irakilla oli käytössään tällaiset lentokoneet pernaruton levittämistä varten.
Valkoisen talon virkailijat vaativat, että FBI:n johtaja Robert Mueller todistaisi pernaruttobakteerien olevan peräisin Osama bin Ladenin hankkimista varastoista, New York Daily News -lehti kertoi vuosia myöhemmin.
15. lokakuuta senaattori Tom Daschlen avustaja avasi postissa tulleen kirjekuoren, jossa oli valkoista jauhetta ja kirje: ”Ette voi pysäyttää meitä. Meillä on tämä pernarutto. Te kuolette nyt. Oletteko peloissanne? Kuolema USA:lle. Kuolema Israelille. Allah on suuri.”
Kuoressa ollut jauhe sisälsi sotilaskäyttöä varten käsiteltyjä pernaruttobakteereja.
Myös toinen demokraattisenaattori Patrick Leahy sai myöhemmin samanlaisen kirjeen. Molemmat kirjeet oli laitettu postiin 6. lokakuuta.
Kongressin rakennus suljettiin ja määrättiin karanteeniin. Painostuksen alla myös demokraattien senaattorit suostuivat hyväksymään Patriot Actin. Lakiesitys hiottiin valmiiksi kongressin edustajien käyttöön annetuissa väliaikaisissa tiloissa.
Syksyn aikana pernaruttoon kuoli kaksi postin työntekijää, vietnamilaissyntyinen sairaalan työntekijä sekä 94-vuotias leskirouva Connecticutin osavaltiosta. 17 ihmistä sai tartunnan mutta säilyi hengissä.
Presidentti Bush allekirjoitti Patriot Actin 26. lokakuuta. Lain voimassaoloa on jatkettu määräajoin, ja se on edelleen voimassa.
FBI:n tutkimuksissa selvisi pian, että pernaruttoitiöt olivat peräisin Yhdysvaltojen asevoimien tai CIA:n laboratoriosta. Kirjekuorien lähettämisestä syytettiin armeijan tartuntatautien tutkimuskeskuksen rokotetutkijaa, joka kuoli ennen oikeuskäsittelyn alkamista.
Yhdysvaltojen tiedeakatemian asettama tutkimusneuvosto piti kuitenkin mahdottomana sitä, että rokotetutkija olisi yksin voinut valmistaa sotilaskäyttöön tarkoitettuja bakteereja.
Pernaruttokirjeistä kirjan kirjoittanut professori Graeme MacQueen kertoo myös kesällä 2001 järjestetystä enteellisestä sotaharjoituksesta, jossa pernaruttokirjeitä lähetettiin tiedotusvälineiden toimituksiin. Kirjeiden takana olivat vieraan valtion sponsoroimat terroristit.
uutiskirje 
